黑旗軍和五花部落的族人終于和解，士兵們大口喝酒大口吃肉，這時，黃飛鴻(鄭愷 飾)堅定地走過來，斬釘截鐵地告訴大家，自己要加入黑旗軍！戰(zhàn)役一觸即發(fā)，因?yàn)榻⒘伺谂_，黑旗軍占領(lǐng)了優(yōu)勢地帶，把日本人轟炸得落花流水，劉永福(湯鎮(zhèn)業(yè) 飾)在緊急關(guān)頭把一項重大任務(wù)交給黃飛鴻去做，但是黃飛鴻還是無法走出陰影，自己最愛的女人都是日本間諜，又如何判斷誰是好人，誰是壞人？劉永福看見黃飛鴻如此怯懦，便聲嘶力竭地鼓勵他，日本人馬上就要登島了，如果黃飛鴻再猶豫不決，同胞們就要死傷無數(shù)！

于是，在劉永福的說服下，黃飛鴻開始帶領(lǐng)眾人練習(xí)功夫，強(qiáng)身健體。閑暇時刻，阿妹帶著黃飛鴻來欣賞鳶尾花，黃飛鴻不由得又回憶起了岑慧慧(鐘楚曦 飾)，心神不寧。阿妹似乎沒有察覺，繼續(xù)介紹著美麗的五色花，這也是五花部落名字的來源，還有一個美麗凄慘的愛情故事。黃飛鴻恍恍惚惚地聽著故事，心里總是無法忘記慧慧，只能有一搭沒一搭地回答阿妹的話。

另一邊，黃麒英(呂良偉 飾)在思念著兒子，十三姨躲在一邊看著黃麒英，心里也很不是滋味。第二天，十三姨獨(dú)自在海邊惆悵，她希望能在茫茫大海中找到許愿石，牙擦蘇(鄔立朋 飾)不想讓十三姨繼續(xù)牽掛，便計上心來，安排了一出黃飛鴻Du博贏錢，又拋妻棄子的戲碼，希望十三姨能認(rèn)識到黃飛鴻的“真面目”。十三姨根本不相信牙擦蘇的話，奪門而出，正好識破了牙擦蘇的計謀，她怒氣沖沖地與牙擦蘇大吵一架，不歡而散。

1895年，日軍對臺灣島大規(guī)模炮轟，戰(zhàn)況愈演愈烈，黑旗軍和五花部落的族民奮力抗?fàn)?，可日軍的炮彈把神樹炸傷了，劉永福?dān)心族民會找麻煩，趕緊命令屬下隱瞞消息。阿妹走到樹下，十分虔誠地跪下，每年春天，神樹都會開花，如果神樹不開花，就會有大災(zāi)難了。

但是，神樹受傷的消息被傳開了，族民們認(rèn)為阿妹是罪魁禍?zhǔn)?，打算燒死她，黃飛鴻趕緊帶著士兵來救人。關(guān)鍵時刻，阿妹制止大家的沖突，她愿意主動承擔(dān)罪責(zé)，黃飛鴻挺身而出，他準(zhǔn)備替阿妹去死！阿妹也表白心跡，說出了對黃飛鴻的愛意。于是，按照部落規(guī)矩，黃飛鴻要接受五花箭神的考驗(yàn)。

阿妹舉起弓箭，準(zhǔn)備射向黃飛鴻，如果黃飛鴻大難不死，那便是彼此的緣分。黃飛鴻閉上眼睛，坦然面對，阿妹忍痛射出了箭，三支箭射出后，黃飛鴻已經(jīng)口吐鮮血，無法站立起來，但是，在族民的支持下，在阿妹的愛情鼓勵下，黃飛鴻毅然決然地站了起來，通過了考驗(yàn)！

十三姨在大晚上來找牙擦蘇，希望他能幫助自己套取日本人的情報，可是，好不容易抓捕到的日本人都死了！十三姨大吃一驚，這些日本間諜早就被抓了，也沒有自殺的跡象，為何現(xiàn)在突然死亡了呢？原來，她們是被櫻花夫人(金夢陽子 飾)殺死的，而櫻花夫人其實(shí)是個日本男人。

這天晚上，黑旗軍得知朝廷簽訂了馬關(guān)條約，大家義憤填膺，士兵們還在用生命戰(zhàn)斗，可朝廷竟然認(rèn)輸了！這是多么喪權(quán)辱國的條約??！劉永福大聲鼓勵士兵，只要黑旗軍的旗幟立在臺灣島，就會奮戰(zhàn)到底！大家決定跟隨黑旗軍戰(zhàn)爭到底！