在人類瀕臨滅絕的世界，武力的最高境界從使用利劍，轉而到使用魔法，繼而變成了使用槍械。就讀于培訓用以取締殘存魔力威脅的“異端審問官”專業(yè)機關——“對魔導學園”的草薙哮，是個完全不會使用槍械，只靠一柄刀與敵人交鋒的另類，而他率領的第35試驗小隊又被稱為“雜魚小隊”。某天，擁有“魔女獵人”資格的超精英持槍高手鳳櫻花，竟然加入了這支隊伍。